معاونت تحصیلات تکمیلی در دانشکده پزشکی به منظور رسیدگی به مسائل و نیازهای دانشجویان تحصیلات تکمیلی از سال ۱۳۸۳ تاسیس شده است. در حال حاضر، دانشجویان تحصیلات تکمیلی در ۱۵ رشته در مقطع کارشناسی ارشد و ۱۵ رشته در مقطع دکتری تخصصی (Ph.D ) و نیز دوره تکمیلی تخصصی علوم آزمایشگاهی در دانشکده پزشکی مشغول به تحصیل هستند.
این واحد با هدف فراهم کردن یک ساختار منظم و کارآمد برای پشتیبانی از دانشجویان در مراحل مختلف تحصیلات تکمیلی، از جمله برنامه‌ریزی های آموزشی، پژوهشی، رفاهی و فارغ التحصیلی شکل گرفته است. این معاونت با هماهنگی با مدیریت امور آموزشی دانشگاه، معاونت آموزشی و تحقیقات و فناوری دانشگاه، مدیریت تحصیلات تکمیلی دانشگاه، معاونت پشتیبانی و گروه‌های مختلف آموزشی دانشکده برنامه‌ریزی‌های مورد نیاز برای دوره‌های تحصیلات تکمیلی را انجام می دهد. علاوه بر این، تشکیل شورای تحصیلات تکمیلی دانشکده با حضور نمایندگان و معاونین محترم گروه های آموزشی برای ارزیابی و تصویب طرح های تحقیقاتی پایان نامه ای از جنبه علمی،  اخلاقی، تناسب با رشته و مقطع تحصیلی و همچنین ارائه پیشنهادهای لازم و تصمیم گیری در موارد مختلف مرتبط با دانشجویان از دیگر فعالیت های این معاونت است.