معاونت تحصیلات تکمیلی به عنوان یکی از معاونت های دانشکده پزشکی می باشد . این معاونت کلیه امور آموزشی اعم از انتخاب واحد، پیگیری ثبت نمرات، ثبت دروس و امور مربوط به فارغ التحصیلی دانشجویان تحصیلات تکمیلی را در مقاطع کارشناسی ارشد و PhD به عهده دارد.
علاوه بر این امور پژوهشی این دانشجویان از قبیل تصویب پروپوزال های پایان نامه ها، برگزاری جلسات دفاع و امور مربوط به هماهنگی امتحان جامع دانشجویان PhD نیز به عهده این معاونت می باشد.