معاونت تحصیلات تکمیلی در دانشکده پزشکی به منظور رسیدگی به مسائل و نیازهای دانشجویان تحصیلات تکمیلی از سال ۱۳۸۳ تاسیس شده است.  این معاونت با هدف فراهم کردن یک ساختار منظم و کارآمد برای پشتیبانی و رسیدگی به مشکلات دانشجویان در مراحل مختلف تحصیلات تکمیلی، از جمله برنامه‌ریزی های آموزشی، پژوهشی و رفاهی شکل گرفته است. این معاونت با هماهنگی با مدیریت امور آموزشی دانشگاه، معاونت تحقیقات و فناوری دانشگاه، مدیریت تحصیلات تکمیلی دانشگاه، معاونت پشتیبانی و گروه‌های مختلف آموزشی دانشکده برنامه‌ریزی‌های مورد نیاز برای دوره‌های تحصیلات تکمیلی را انجام می دهد. معاونت تحصیلات تکمیلی کلیه امور آموزشی اعم از انتخاب واحد، پیگیری ثبت نمرات، ثبت دروس و امور مربوط به فارغ التحصیلی دانشجویان تحصیلات تکمیلی را در مقاطع کارشناسی ارشد و PhD  به عهده دارد.

علاوه بر این امور پژوهشی این دانشجویان از قبیل تعیین اعضای هیأت داوران جهت برگزاری جلسات دفاع و امور مربوط به هماهنگی امتحان جامع دانشجویان  PhD  نیز به عهده  این معاونت می باشد. تشکیل شورای تحصیلات تکمیلی دانشکده با حضور نمایندگان و معاونین محترم گروه های آموزشی برای ارزیابی و تصویب طرح های تحقیقاتی پایان نامه ای از جنبه علمی،  اخلاقی، تناسب با رشته و مقطع تحصیلی با اهداف کاربردی و در راستای رفع مشکلات بهداشتی و درمانی جامعه و همچنین ارائه پیشنهادهای لازم و تصمیم گیری در موارد مختلف مرتبط با دانشجویان از دیگر فعالیت های این معاونت است.

در حال حاضر، دانشجویان تحصیلات تکمیلی در ۱۵ رشته در مقطع کارشناسی ارشد و ۱۵ رشته در مقطع دکتری تخصصی (Ph.D ) و نیز دوره تکمیلی تخصصی علوم آزمایشگاهی در دانشکده پزشکی مشغول به تحصیل هستند.