معاونت تحصیلات تکمیلی در دانشکده پزشکی به منظور رسیدگی به مسائل و نیازهای دانشجویان تحصیلات تکمیلی از سال ۱۳۸۳ تاسیس شده است.  این معاونت با هدف فراهم کردن یک ساختار منظم و کارآمد برای پشتیبانی و رسیدگی به مشکلات دانشجویان در مراحل مختلف تحصیلات تکمیلی، از جمله برنامه‌ریزی های آموزشی، پژوهشی و رفاهی شکل گرفته است. این معاونت با هماهنگی با مدیریت امور آموزشی دانشگاه، معاونت تحقیقات و فناوری دانشگاه، مدیریت تحصیلات تکمیلی دانشگاه، معاونت پشتیبانی و گروه‌های مختلف آموزشی دانشکده برنامه‌ریزی‌های مورد نیاز برای دوره‌های تحصیلات تکمیلی را انجام می دهد. معاونت تحصیلات تکمیلی کلیه امور آموزشی اعم از انتخاب واحد، پیگیری ثبت نمرات، ثبت دروس، هماهنگی امتحان جامع دانشجویان Ph.D و امور مربوط به فارغ التحصیلی دانشجویان تحصیلات تکمیلی را در مقاطع کارشناسی ارشد و PhD به عهده دارد.

علاوه بر این امور پژوهشی این دانشجویان از قبیل تعیین اعضای هیأت داوران جهت برگزاری جلسات دفاع به عهده  این معاونت می باشد. تشکیل شورای تحصیلات تکمیلی دانشکده با حضور نمایندگان و معاونین محترم گروه های آموزشی برای ارزیابی و تصویب طرح های تحقیقاتی پایان نامه ای از جنبه علمی،  اخلاقی، تناسب با رشته و مقطع تحصیلی با اهداف کاربردی و در راستای رفع مشکلات بهداشتی و درمانی جامعه و همچنین ارائه پیشنهادهای لازم و تصمیم گیری در موارد مختلف مرتبط با دانشجویان از دیگر فعالیت های این معاونت است.

در حال حاضر، دانشجویان تحصیلات تکمیلی در ۱۵ رشته در مقطع کارشناسی ارشد و ۱۵ رشته در مقطع دکتری تخصصی (Ph.D ) و نیز دوره تکمیلی تخصصی علوم آزمایشگاهی در دانشکده پزشکی مشغول به تحصیل هستند.